Пятнадцать лет назад в безлюдном участке Тихого океана круизный лайнер столкнулся с айсбергом и исчез в глубинах. Через более чем десять лет корабельщик Хидэто Яширо погиб в трагической автомобильной аварии. Странная связь между этими происшествиями проявляется только на роскошном судне "Святой Афродита" во время его первого рейса.
В долгожданный отпуск Когору Мурой, его дочь Ран, Конан Эдогава и Детективы Boys отправились в путешествие, спонсированное родственниками Соноко Судзуки. Их веселье внезапно прерывается, когда игра в прятки заставляет Соноко исчезнуть. Позже главный исполнительный директор группы Яширо — тот, кто заказал "Святую Афродиту" — обнаруживается убитый ножом, а её отец пропал. Когда полиция застревает на тупике, Конан сужает круг подозреваемых. Решив уклониться от поимки, нападающий угрожает взорвать "Святую Афродиту" и обречь всех на погибель.
Когда корпус судна быстро заполняется водой, мотив мести за убийства наконец раскрывается. Оказавшись без возможности спасения, Конан и Когору сталкиваются с неуловимым злодеем, прежде чем все на борту будут потянуты к морскому дну.
TMS Япония