Военный корабль-уничтожитель "Эйджис" проводит публичные учения в заливе Маизуру, где только что была замечена подозрительная иностранная судна. Конан Эдогава, Ран Мурой, Когору Мурой, Соноко Судзуки и детективы получили приглашения присутствовать. Однако во время продолжающихся военно‑морских учений член экипажа обнаружил отрубленную левую руку лейтенанта. Позже Конан понял, что иностранный шпион мог проникнуть на судно с целью украсть сверхсекретные данные любыми средствами. Если эта информация попадет в чужие руки, оборонительная линия Японии будет скомпрометирована, и страна окажется уязвимой к враждебным атакам. С помощью морской полиции и союзников на суше, расследующих дело, Конан теперь должен предотвратить эту национальную чрезвычайную ситуацию и раскрыть проникшего для безопасности Японии. Он должен координировать действия с военно‑морской разведкой, обезопасить коммуникации корабля и проследить след шпиона до того, как угроза вырастет, чтобы защитить родину.