Великий день открытия новой линии метро Токио, линии Тото, наступил, но взрывной акт неожиданно прервал все торжества. Губернатор Токио оказался в эпицентре взрыва на поезде, но он и все остальные пассажиры были спасены благодаря быстрому суждению и действиям Конана Эдогава.
Заинтересовавшись событием, Конан погрузился в политическую историю губернатора и узнал, что он приказал снести деревню в Ниигате для строительства дамбы Китано-сава. Убедившись, что бомба связана с этим проектом, Конан присоединился к Рану Мурой, Когору Мурой, профессору Агаса, Соноко Судзуки и Детективским мальчикам, чтобы отправиться в бывшую деревню для расследования.
Там они столкнулись с группой жителей, которые жили в старом поселении до его разрушения. Как только одна улика распутывалась, другая — местный житель был убит. Веря в то, что за этим стоит куда более зловещий заговор, Конан поклялся раскрыть правду обоих инцидентов до того, как станет слишком поздно.