東京の新地下鉄ライン、トウオ線（Touto Line）の開通式の日がやって来たが、爆弾攻撃によりすべての祝賀行事は突然中止された。東京知事が列車内で起きた爆発に巻き込まれたが、彼と乗客全員は江戸川コナンの迅速な判断と行動のおかげで救出された。事件に興味を持ったコナンは、知事の政治記録を調べ、彼が新潟で村を焼き払うよう命じたことを知り、北那澤ダム建設のためだったと学んだ。爆弾攻撃がそのプロジェクトに関連していると確信したコナンは、毛利蘭・毛利小五郎・阿笠教授・鈴木園子・探偵団とともに、調査のため旧村へ向かった。そこで彼らは、崩壊前に住んでいた旧集落の住民たちと出会った。手がかりを一つ解くごとに、もう一つの手がかりが明らかになる中で、一人の地元住民が殺害された。さらに陰険な陰謀が進行していると信じ、コナンは両事件の真相を明らかにすることを誓った。
