雨の降る夕暮れ、探偵団は交通信号の薄明かりの下で雨に濡れた大通りを横断する殺人事件を目撃します。交通渋滞に巻き込まれ、犯人は逃走し、江戸川コナンは死亡寸前の警官から唯一の手がかりを受け取ります。数日後、別の検事が駐車場で死亡していることが発覚し、全警察組織に不安をもたらします。内部犯の疑いが高まり、弁明のない全警官が容疑者となります。警戒をしている間にも、彼らは騙され、さらに別の攻撃に耐えます――今回は真理が銃弾の交差点で巻き込まれた。
震え上がった真理は、遡行性健忘症で過去を思い出せず、病院で目覚めます。すぐに退院し、彼女は記憶を取り戻そうと闘い、殺人犯が見たもののために彼女を標的にすることを恐れます。友人や親族の保護下で、コナンは証拠を集め、次の攻撃が起こる前に犯人を暴く責任があります。そして緊張は時間とともに高まります。都市が眠る間、危険は静かに迫っています。
