映画のプロット内で、東京サミットの巨大なエッジ・オブ・オーシャン複合施設で突然爆発が起きる。ゼロとして知られる国立警察庁セキュリティ局のエージェント、アムロ・トオルのシルエットが現場に姿を現す。さらに、探偵でモウリ・コゴロウの弟子であるフルヤ・レイも、ブラック組織内ではバーボンという別名で活動している。事件の後、捜査官は犯人を特定しようと奔走する一方で、市は今日も高度警戒状態にある。コゴロウは爆発調査の主要容疑者として拘束される。コナンはコゴロウを弁護するため調査に乗り出すが、アムロは彼の努力を妨害する。
