トウトウスタジアムでは、Jリーグのサッカー試合が観客の熱狂的な歓声とともに進行しています。試合が続く中、森警部は不明な電話から爆弾の脅迫と、その場所を示す謎めいたパズルを受け取ります。江戸川コナンは時間が切れる前に観客を守らなければならない。
幸いにも、コナンの素早い動きと鋭い推理で爆弾は発見され、爆発を回避できます。しかし犯人は終わらず、森警部は都市の中心にある大規模な市民集会で爆発する予定の別の隠し爆弾について知ります。時間と戦いながら、さらに数千人の命が危険にさらされ、当局も慌てる中、コナンはもう一つの謎を解き、爆弾の位置を特定し、犯人を逮捕して重大な災害を防ぐ必要があります。
