ある日、森コゴロの私立探偵事務所に恐喝電話がかかった。しかし、相手は番号を間違えていた。コナンはすぐに電話の声を認識した。その声は、彼の旧友である大阪在住の高校生探偵・平次に驚くほど似ていた。恐喝メッセージは身代金を要求していたが、相手の声は明らかに見覚えがあった。平次とコナンは本日、事件の調査に再び集結し、失われた宝石を取り戻す。
彼らだけがこの宝物を狙っているわけではない。悪名高い泥棒、怪盗キッドもまた、1億円相当のアイテムに強い興味を示している。平次とコナンは犯人を出し抜き、泥棒の計画を阻止し、他の誰よりも先に宝石を確保することになる。
