シーンは東京の八丈島近海で展開され、世界中から集まったエンジニアたちが「パシフィックブイ」の本格的な導入を行うために集結しています。パシフィックブイは、世界各国の警察が運用する監視カメラを結ぶオフショアハブであり、システムの円滑な統合を確保することが目的です。そこで、新しい顔認証技術の試験も進行中です。
同時に、コナンと探偵団は園子の要請で八丈島へ赴き、厳重に秘密を守ります。そこでは、沖谷凛が彼らに連絡し、ブラック組織のジンによってドイツでユーロポール職員が殺害されたと報告します。
不安を抱えたコナンは施設に忍び込み、ブラック組織によって闇の中で誘拐された女性エンジニアを発見します。彼女は機密データが入ったUSBドライブを携えており、今やそれは組織の手に渡っています。闇の存在が藍葉原にも影を落としています。
