幻影の盗賊・キッドから警告が届き、彼は北海道函館にある裕福な小野家の所持する日本刀を盗むと主張した。偶然函館にいたコナンと服部平次は、キッドを捕らえる任務を引き受けた。小野家の刀剣コレクションは、函館で亡くなった歴史的人物・土肥三蔵（ひじかた としぞ）と結びついており、その遺産は大きな影響を持っている。宝石窃盗で知られるキッドが、どうして日本刀を狙うのだろうか？
同時に、小野家の弁護士が倉庫街で死亡していることが判明し、彼は日本刀により殺害されたようだ。主要容疑者は、小野家の隠し宝を追っていると噂される投資家兼武器商人だ。
現在の小野家族長の祖父は戦時中の兵器製造に深く関わっており、噂では彼が函館のどこかに「戦争の行方を変える」力を持つ強力な兵器を隠したとされている。キッドはその遺物を狙っているのだろうか？一方、平次はカズハに告白するための完璧な場所を探している…
北部の桜が咲き誇る地域で、スリリングな宝探しが始まり、賭けは高まっていく。
