東京・渋谷はハロウィンの祭りで賑わっている。渋谷ヒカリエでは、佐藤がウェディングドレスを纏いながら結婚式が進行している。コナンと他のゲストが見守る中、襲撃者が突入し、高木は佐藤を護ろうとするも負傷する。彼は生き残り、危機は収束するが、佐藤は三年前に元恋人の松田甚平が爆撃連続事件で殺された際に初めて目撃した死神の姿が、高木のイメージと合体しているのを見てしまう。
一方、爆弾犯は拘束から逃走する。公共安全官の古谷玲（別名安室徹）は、クラスメイトを殺害した男を追跡するが、マスクをつけた人物に対峙され、首輪型爆弾が装着される。
コナンは安室が隠された地下避難所へ向かい、首輪型爆弾を解除し、過去の事件について知る。三年前、彼と亡くなった学園仲間たちは渋谷で「プラミャ」という未知のバーチャル爆弾と対峙した。コナンと仲間たちがさらに掘り下げるにつれ、脅威の影が集まり始める。
