日本は、東京で開催される世界最大のスポーツ祭典「WSG‑World Sports Games（ワールド・スポーツ・ゲームズ）」の開催を控えている。開会式と同時に、官僚たちは日本初の「真空超伝導直線型」列車を発表した。この驚異的な列車は時速1,000kmに達し、国の技術レパートリーを網羅している。新名古屋駅から柴浜駅まで走るこの路線は、首都とこの新たな驚異を結ぶ。世界の注目が東京に集まる中、主要WSGスポンサーが集う限定イベントで騒動が発生する。突如として大手企業のトップ経営者たちが次々と姿を消し始める。影で、赤井修一は展開する危機を注視しつつ、FBIが彼の指示待ちとなっている。コナンの推理は、この混乱を15年前にボストンで起きたWSGでの大規模誘拐事件と結びつける。FBIもこの事件を監督していた。これは単なる偶然なのだろうか？ 世界中から集まった人々が訪れた日本とその未来に、どんな運命が待っているのだろうか。
