エージス破壊者艦は、疑わしい外国船が目撃された舞鶴湾で公開訓練を実施しています。コナン・エドガワ、ラン・モウリ、コゴロウ・モウリ、小野子鈴木、そして探偵少年団はすべて参加招待を受けました。しかし継続中の海軍演習中に乗組員が大尉の切断された左腕を発見しました。後にコナンは、外国のスパイが手段を選ばず最高機密データを盗むために船舶に潜入した可能性があると悟りました。その情報が漏れれば、日本の防衛線は破られ、国を敵対的攻撃にさらすことになります。海上保安庁の協力と陸上で調査する同盟国とともに、コナンは今、国の緊急事態を回避し、日本の安全のために潜入者を明らかにしなければなりません。彼は海軍情報機関と連携し、船舶の通信を確保し、脅威がエスカレートする前にスパイの痕跡を追跡し、祖国を守らなければならない。
