工藤新一は、探偵としての腕前で知られる学生であり、多くの複雑な謎を解き明かすことで名声を得ている。ある午後、二人の人物に気づいた彼は、彼らを尾行することにし、うっかり違法な取引を目撃してしまう。残念ながら、彼はその場で捕まってしまい、男たちは自分たちのギャングが開発した実験用血清を投与し、彼を殺す。だが驚くべきことに、新一は生存し、七歳の少年の体で目覚める。
この事件は彼に犯人を裁くという深い決意を燃やさせる。常に。知性を保ちつつ、彼は幼馴染の毛利蘭とその父・毛利小五郎を含め、誰からも真の身元を隠す。これを実現するために、彼はアーサー・コナン・ドイルとランポ・エドガワというミステリー作家からインスピレーションを得て、偽名「江戸川コナン」を採用する。この新たな別名は、蘭を見守りながらも彼自身の正体を隠し続ける手段となる。
江戸川コナンという名で、彼は静かに師匠の事件を裏方から解決しつつ、自分を変えた組織を探り、いつの日か薬の効果を取り消すことを願っている。解決されるたびに、呪いを逆転させる一歩が近づく。
