Шиничи Кудо, известный студент благодаря своим детективным способностям, приобрёл славу, разгадывая множество сложных тайн. Однажды после обеда, заметив двух людей, он решает следить за ними и случайно становится свидетелем незаконной операции. К сожалению, его поймают в процессе; мужчины дают ему экспериментальный сыворотку, разработанную их бандой, и убивают его. Однако к своему шоку Шиничи выживает, только чтобы проснуться в теле семилетнего мальчика.
Этот инцидент усиливает его решимость довести виновных до справедливости. Сохраняя интеллект, он скрывает свою истинную личность от всех, включая детскую подругу Ран Мори и её отца Когоруо Мори. Для этого он принимает псевдоним Конан Эдогава, вдохновляясь авторами-детективами Артуром Конаном Дойлом и Ранпо Эдогавой. Его новый псевдоним позволяет ему наблюдать за Ран, оставаясь при этом незаметным.
Под именем Конан он тихо решает дела своего наставника из-за кулис, используя свой сыщикский талант, одновременно расследуя синдикат, который изменил его, надеясь однажды отменить эффект препарата. Каждая разгаданная тайна приближает его к обратному действию проклятия.
