月明かりの夜、東京国立微生物研究所は「レッド・サイアム猫」と名乗る謎めいた派閥に襲われる。彼らは80％の致死率を持つ治療法のないウイルスを収容した強化実験室を爆破し、恐怖は世界のヘッドラインを席巻し、鈴木次郎吉が地球最大のディリジブルを発表する壮大なイベントを凌駕した。実験室は最高レベルのセキュリティに分類され、病原体を保管していた。奇妙なことに、その式典には黒羽海斗「怪盗キッド」へ向けられたメモが添えられており、彼に貴重な展示品――輝くレディ・スカイを盗むよう挑戦していた。
江戸川コナンは、毛利小五郎、毛利蘭、小野子鈴木、阿笠教授、そして探偵団とともにディリジブルへアクセスを許可される。彼らの祝宴は、未確認の電話が次郎吉に煙室でウイルスが放出されたと知らせた瞬間に切り上げられる。群衆の興奮は恐怖へと変わり、警報が鳴り響く中、乗客の症状が急増し混乱を招いた。レッド・サイアム猫はこの混沌を利用し、空船に乗り込み支配した。
攻撃者を阻止するため、コナンと怪盗キッドは仲間たちと協力し、手がかりを解き明かし、レッド・サイアム猫の真の動機を時間切れ前に暴露しなければならない。
