Когда весна уступает место лету, Макото Юки остаётся с специализированной командой по выполнению внеклассных заданий (SEES). Группа продолжает одолевать Тени всех размеров, но теперь они сталкиваются с новым противником: Стрега — кадром бунтарей, владеющих Персонами, которые стремятся использовать Темную Часу для своих целей — Стрега, по‑видимому, держит ключ к истинной природе часа.
Во время летних каникул SEES на Якушима их сопровождает Аегис, амнезийный андроид, созданный для уничтожения Теней. Хотя она оказывается грозным союзником, по‑неизвестной причине привлекается к Макото и постоянно остаётся рядом с ним. Погружаясь глубже в загадки Темной Часы, природа таинственной связи между этими двумя постепенно раскрывается.