12歳の長門光史の世界は、父が家を火事で焼失した後に去ったことで暗くなる。孤独で絶望的な光史は歩道に倒れ、変わった女性・ワチ・ミネルが彼を見つけ、女子寮「メガミリョウ」に連れて行く。光史の苦境を知ったミネルは、臨時ディレクターとして彼にメガミリョウの正式な寮長を務めるよう頼む。しかし、彼は恥ずかしがりながらも親切な佐藤アテナ、少女のような男子気質のセンショウ・キリヤ、そして科学実験を無謀に行うミネル自身などの風変わりな住人たちと共に暮らすことになる。それでも光史はこの混沌とした新しい生活の責任を果たそうと努力する。
