サトシと仲間たちのカロス地方を巡る冒険は続く！第7つ目のジムバッジを手に入れた後、パーティは次の町へ向かう途中でエウレカがポーチに隠した奇妙なポケモンを見つける。名前はプニチャンで、サトシとセレナが新たに入手したポケモンガイドの知識をも超えていることが判明する。しかし、プニチャンは鮮やかな赤いスーツを着た陰険な組織、チームフレアの注意を引いてしまい、彼らはその生き物を自分たちの計画に利用しようとする。サトシと仲間がこの謎めいた集団がプニチャンを残酷に扱おうとすることを知ると、彼らはチームフレアの企みへ立ち向かい、対決を敢えて挑む。ゴジカの予報が迫る中、サトシは最終ジムバッジを目指し、セレナは最後のプリンセスキーを争い、トリポカロンマスタークラスへの合格を目指す。一方でチームフレアが逃げるZを追う中、ポケモンXYとポケモンXY：メガエボリューションの物語が交錯し、サトシと仲間たち、そしてチームロケットはカロスを危険にさらす陰謀へ巻き込まれる。
