第四聖杯戦争は依然として激しさを増しており、明確な勝者も現れないまま、教会の監督である古見仁勢は、生存した聖騎士とそのマスターたちに、戦争を崩壊させ冬木市を破滅へと導く恐るべき危機に立ち向かうため団結するよう呼びかけ、同市の運命は今、揺れ動いている。脆弱な停戦は、マスターたちがどんな卑劣な手段でも用いて勝利を確保する意志を示すと同時に、同盟者を裏切り、無実の人々を犠牲にし、道徳線を越える準備ができていることが明らかになるにつれ、すぐに崩壊する。英雄主義と騎士道に関する対立した考え方が衝突し、エミヤ・キリツグと彼の聖騎士サーベルの間に疑念の種が芽生える。一方、目的を求め続ける古見貴礼と残されたもう一人の聖騎士との間に、陰険な絆が形成される。戦争の結果を操る力はすでに同盟関係を解体し始め、全てを崩壊させる恐れがある。最終カウントダウンがゼロに達すると、勝利の代償は成功と敗北の境界を曖昧にする。
