養父が亡くなった後、若いシロ・エミヤは巨大な邸宅で一人暮らしをしていた。16歳になる頃、彼は親切で勤勉かつ実直な青年として成長し、そのために二人の女性――幼い学校の友人であるサクラ・マトと教師のタイガ・フジムラ――から世話と注意を受けた。正式には保護者だが、実際は姉のような存在だった。すべてが崩れ去ったのは、シロが故郷のフユキ市が聖杯を巡る魔法戦のアリーナであり、数世代ごとに繰り返されるということを知った時だった。ところが世界は加速しており、最後の戦争からわずか10年しか経っていない――そして新たな時代が来ていた。古の法則によれば、「王位戦争」は七人のマスター・メイジが行い、各々がサーヴァー――過去または未来の永遠の英雄を呼び出す。最後に残ったマスターが聖杯――どんな願いも叶える最高の宝物を手に入れる。規則はなく、目的が手段を正当化し、昨日の友人が今日の敵となり、思い悩まずに裏切ったり背中を叩いたりすることもある。真実を知ったシロは、戦いから離れるか、放棄するか、すべてを賭けるリスクを取るかという重い選択に直面した――小さな（彼の考えでは）魔法の力、熱い心、愛する者を救う絶望的な願いをかけて。だが名誉と勇気の天秤に最後の滴となるのは、あの夜に輝いた遠い過去から来た緑色の瞳だった…
