ユートピアの表舞台に隠れた形で、月島原学院はデジタルな悪夢として機能し、近い将来の聖杯戦争のアリーナとなっている。ムーンセルシステムによって設計されたこのキャンパスは、地球から投影され、マスターの潜在力をほんの少しでも持つ魂を宿す。256体の存在のうち、半数――128体の魂――が本戦に選ばれ、それぞれサーヴァントを受け取る。全てのマスターが選ばれると、学院は残存するすべての生き物を根絶しようとする浄化を開始する。
白野鬼神が自らの血のプールで目覚めると、彼は死の不可避性を拒絶する。説明しがたい憎悪の高まりに駆られ、彼はどんな犠牲を払っても生き残ると誓う。無慈悲なハンターと戦いながら、彼は地面に埋め込まれた真紅の剣を発見し、それを抜き取ると自らのサーヴァント、セイバーが召喚され、ローズペタルの雨中でハンターを粉砕する。この新たな力を手にした白野は、ムーンセルの核心――エンジェリカ・ケージ―へ向かい、この作り上げられた領域の裏に隠された数え切れない秘密を解き明かし、聖杯を求める者のために彼自身の永遠なる運命を再構築する必要がある。
