聖杯戦争は魔術師たちの残酷な衝突であり、七人のマスターと彼らが召喚した使い魔が聖杯――どんな願いも叶えることのできる神秘的な遺物を巡って争う。約十年前、第四聖杯戦争の決闘が富嶽市を壊滅させ、五百人以上の命を奪い町を廃墟にした。
エミヤ・シロウはその災難を生き延び、今や彼の救い手であり養父であるエミヤ・キリツグをモデルに正義のチャンピオンになりたいと願っている。まだ学生であるにもかかわらず、シロウは学校で偶然起きた使い魔同士の対決を目撃し、自らの使い魔サーベルを召喚してしまったことで、第五聖杯戦争に巻き込まれる。
闇の殺人犯が富嶽市民を次々と殺害し始めると、シロウは戦争のもう一人の候補者である遠坂凛と手を組み、残虐行為を止めようとする。しかし、親友の桜田マトウへの想いが彼を紛争と対立家族の間に織り成す陰鬱な謎へと深く引き込む。運命は聖杯の力と復讐の代償について真実に直面させる。
