第四聖杯戦争での敗北から十年後、ワーバー・ヴェルベット――現在はエル＝メロイII世の領主となった彼は、魔術師たちにとって最高峰の学園であるクロックタワーで教鞭を執っている。しかし、彼の領主への昇格は一つの条件に縛られている。亡きカイネス・エル＝メロイの妹、レインズに従うこと――彼女が家を率いるまで。ワーバーは謎めいた弟子グレイとともに、レインズと魔術師協会から指示された一連の事件を解決していく。調査が進むにつれ、クロックタワーに更なる謎が潜んでいることを示唆し、レインズは何を隠しているのか――その真実が明らかになる。
