半妖の兄妹、十和と刹那はいつも絆を共有し、封建時代の日本で幸せな日々を過ごしていた。彼らの無邪気な生活は、炎により引き裂かれ、十和が現代日本へと投げ込まれるポータルに飛ばされることで崩壊した。現在、十和は帰還の道を見つけられずにいたため、雛川奏太によって救出され、彼の娘として迎えられた。
10年後、14歳になった十和は比較的安定した学生となっているが、頻繁に喧嘩をすることもある。突然、彼女の生活は過去から来た3人の訪問者によって乱される。モロハは経験豊かな狩人、刹那は妖怪討伐者であり彼女の忘れられた双子、そして三眼の女主人は強力な遺物を狙う悪魔だ。彼らは共に敵を打ち倒すが、十和は刹那が自分のことを何も覚えていないと知り、ショックを受ける。『半妖の夜姫：戦国物語』は、三人が刹那の記憶を取り戻し、彼らの運命に絡む秘密を解き明かす旅を描いている。
彼らの旅は過去と現在を交錯させ、忠誠心と勇気を試しながら古の呪いと現代のジレンマに直面し、常に共に戦う。
