彼女の15歳の誕生日、ヒグラシ・カゴメの人生は突然変わる。悪魔に引きずり込まれ、家族の神社の古い井戸へと連れて行かれる。封建時代の日本を自由に徘徊する妖怪たちが彼女を追い続け、彼女が知らずに携えている神秘的なアイテム――無限の力を宿す小さな球体、紫紺珠（しこんじゅ）――を欲しがる。危険な状況の中、彼女は犬夜叉という半妖の青年に出会う。最初は彼が抱く嫌悪感を持つ巫女、キッコウと混同してしまう。カゴメがキッコウに似ているため、犬夜叉は彼女を激しく嫌う。しかし、二人が直面する危険を認識し、彼は恨みを捨て、助けることにする。紫紺珠を巡る衝突の中で、聖なる宝石は砕け散り、破片が世界に広がる。大災害を恐れ、カゴメと犬夜叉は敵に手渡される前に破片を回収するため、困難な旅へと踏み出す。彼らの絆は古代の敵に立ち向かい、運命を結びつける秘密を明らかにする中で強まっていく。
