第5回聖杯戦争は続き、そこから生じる混乱がすべての候補者に対するリスクを高めている。絵宮シロウは戦いに残り、すべてを守る正義のチャンピオンになることを目指している。彼は影とその殺戮行為の裏にある謎を解明し、決して終わらせることを誓っている。
同時に、マトウ・シンジは計画を開始し、妹サクラを操ることで絵宮に危険をもたらす。シロウとリン・トーサカはシンジに対峙し、サクラを兄の拷問から解放することを目指す。しかし、マトウ兄妹の厳しい現実が浮かび上がり、多くの暗い秘密が明らかになり、彼らの脆弱な同盟を崩壊させる恐れがある。
『Fate/stay night Film：Heaven's Feel – II. Lost Butterfly』は、残されたマスターとサーヴァントが聖杯を求めて互いに戦う様子に焦点を当て続ける。しかし、深雪市全体に闇が広がる中で、彼らの聖戦の神聖さすらも脅威と忠誠心の変化によって危うくなる。
