Пятая война Святого Грааля продолжается, и последующий хаос усиливает риски для каждого участника. Широ Эмия остаётся в конфликте, стремясь стать чемпионом праведности, защищающим всех. Он приступает к раскрытию тайны тени и её убийственной резни, решительно намеревшись одолеть её раз и навсегда.
В то же время Шинджи Матоу запускает свои схемы, ставя под угрозу Широ через манипуляцию своей сестрой Сакурой. Широ и Рин Тосака сталкиваются с Шинджи, стремясь освободить Сакуру от мучений брата. Однако мрачная реальность братьев Матоу выходит наружу, раскрывая многочисленные тёмные тайны, которые угрожают разрушить их хрупкие союзы.
Фильм "Fate/stay night: Heaven's Feel – II. Lost Butterfly" продолжает сосредотачиваться на оставшихся Мастерах и Сервантах, которые сражаются друг с другом в погоне за Святой Грааль. Однако по мере того как тьма распространяется по Фуюки, даже святость их войны оказывается под угрозой из-за угроз и меняющихся лояльностей.
