Скрытая под фасадом утопии, Академия Цукимихара функционирует как цифровой кошмар, арена предстоящей войны за Святой Грааль. Созданная системой Moon Cell, кампус принимает души, проецированные с Земли и обладающие даже каплей потенциала Мастера. Из этих 256 существ половина — 128 душ — отбирается для главного конкурса, и каждая получает Серванта. Как только все Мастера выбраны, академия инициирует чистку, направленную на уничтожение всех оставшихся живых существ.
Когда Хакуно Кишинами просыпается в бассейне собственной крови, он отвергает неизбежность смерти. Подтолкнутый необъяснимым всплеском ненависти, он клянется выжить любой ценой. В битве с неумолимым охотником он обнаруживает алый меч, врезанный в землю; вытащив его, вызывает своего Серванта — Сабера, который уничтожает охотника под дождем розовых лепестков. С этой новой силой Хакуно теперь должен направиться к ядру Moon Cell — Ангелика Кейдж, чтобы раскрыть правду о этом искусственно созданном мире, скрывающем бесчисленные тайны и изменяющем его глубоко вечную судьбу для тех, кто осмелится искать Грааль.