魔法協会のメンバーであるリン・トゥーサカとルヴィアゲリタ『ラビア』エデルフェルトは、王国中に散らばる有名な英雄霊の生命力を宿す古代遺物、クラスカード7枚を探し出し回収する任務を負っている。彼らのクエストを支援するため、ルビーとサファイアという意識を持つカレイドスティックの能力を授けられ、魔法少女として変身し、力を大幅に増強し危険から守ることができる。しかし、この2人の魔法使いは対立し、カレイドスティックが彼らを離れ、新たな使い手を探す原因となる。そこで、イリヤスヴィル・フォン・アインツベルンとミユという2人のティーンエイジャー学生に出会い、彼らを迅速に説得して契約を結ばせる。新たな力と任務を手に入れたイリヤとミユは、すべてのクラスカードを集める使命に乗り出す。
