イリヤスヴィル・フォン・アインツベルンにとって、また一つの心地よい夏が過ぎ去る。魔法少女としての責務から離れ、彼女は最愛の仲間ミユ・エーデルフェルトと共にクラスカードを集めた後の休息を楽しむ。
しかし、リン・トゥサカとルヴィアゲレイタ・エーデルフェルトが、彼女たちが友人と外出している間に両方の少女を捕らえることで、その休息は急に終わる。
二人は、時計塔からの報告で、封印されたとされる制御不能なマナが不自由に流れ続け、富士見市全体に広がっていることを知り、任務はまだ終わっていないと悟る。
源へ向かう途中、イリヤとミユはその混乱を解消する任務を負う。
しかし、呪文を唱えると、イリヤスヴィルは自分が二つの存在に分かれたことを悟る。
謎めいた複製が逃げ去るのを見て、彼女はただ推測するしかない：無防備な街を徘徊するドッペルゲンガーとともに何が起こるのだろうか？
彼女はそれを追いかけようとするが、裏路地をすり抜けて市場の屋台に消えてしまう。
市民は気付かず、イリヤはこの新たな存在が混乱を招くのか、それとも彼女を助けるのか疑問に思う。
一方、時計塔の警報は鳴り続け、彼女たちに行動を促す。
