人肉を渇望し、形を変える悪魔（妖魔）がラクィの村に現れたとき、銀色の瞳を持つ孤独な女性が剣だけを背負って町に足を踏み入れた。彼女は「クレイモア」と呼ばれる、半人間・半妖魔の血で鍛えられた怪物狩り専用の生き物だ。ラクィの家族が殺害された後、クレイモアは彼を救うが、その代わりに故郷から追放される。行き場のないラクィは、クレイモア――通称クラリ―を追いかけ、彼女の旅に同行することを決意する。
二人は集落から集落へと旅し、道中で妖魔を討ち倒しながらクラリ―の組織と仲間たちについてさらに明らかにしていく。町が浄化され、妖魔が倒されるたびに、彼らはクラリ―がクレイモアとなって以来復讐を誓った妖魔に近づいていく。正義を貫く執拗な追求の中で。
