エドワード・エルリックは、若くて才能ある錬金術師であり、12年間の生涯にわたり大きな喪失を経験してきた。彼と弟アルフォンスが、亡くなった母親を人体転換という禁断の手法で蘇らせようとした際、エドワードは弟と二本の四肢を犠牲にした。彼の卓越した錬金術の腕前で、アルフォンスの魂を巨大な鎧に封印した。
一年後、エドワードは国のフルメタル錬金術師へと昇進し、若い兄弟とともに哲学者の石を求めて旅立った。この伝説的な遺物は、錬金術師の力を劇的に増幅し、錬金術の核心原理――何かを得るには等価のものを失わなければならない―を回避できるとされている。エドワードは軍事援助を利用して石を探し、彼自身とアルフォンスの両方の身体を回復させようとしていた。しかし、エルリック兄弟はすぐに、神話の石が隠している深い真実を知り、自分たちが想像した以上に重大な対立へと突き進むことになる。彼らはまた、そのような力に伴う責任の重みを感じ、石の真の性質が国々間に迫る戦争と絡み合っていることを悟り、彼らの旅は世界の運命に決定的な要因となる。
