奇妙な能力を持つ逃亡者の錬金術師を追っている間に、兄弟エドワードとアルフォンス・エルリックは戦争の影に覆われたミロスの荒涼とした谷を発見する。
ミロス人は支配された民族であり、彼らの聖なる領土をクレタから取り戻そうとしている。クレタは軍事的国家で、強制的に深く占領し、その土地は常に失われたことを嘆いている。
この政治的旋風の中に、若い女性ジュリア・クリッチョンが立ち、ミロスに力を取り戻し平和を回復するよう熱心に促している。彼らの希望は遠い星のように揺らめく。
ジュリアと絆を結んだ後、エドワードとアルフォンスは彼らが追い求めてきた正にその対象である哲学者の石を中心とした新たな反乱に巻き込まれるが、石の力は静かな脅威として残っている。
しかし、石との過去の遭遇が彼らを警戒させ、兄弟は援助に躊躇する。
しかし、クレタの隠された動機と疑わしい過去を明らかにするにつれ、兄弟は自由を求めるミロスの反乱軍と全体支配を追求するクレタ軍との衝突に巻き込まれる。
