大人気のバーチャルリアリティMMORPG『The World』が閉鎖された後、その後継作『The World R:2』がリリースされました。初日、初心者のハセオはクエストに同行する仲間を見つけたと信じています。しかし、残酷な展開で彼らはただ楽しみのために彼のアバターを排除してしまいます。幸いにも、謎めいた片腕のプレイヤー・オヴァンに救出され、彼は世界を案内してくれると申し出ます。オヴァンと彼の司祭友人シノと共に、ハセオはゲーム内で幸せな初年度を過ごします。しかし、シノのアバターが悪名高いトライ・エッジに殺害されると、その平穏は破綻します。トライ・エッジは、現実世界で被害者が全員昏睡状態に陥ったことで知られています。怒りに燃えたハセオは、逃げ回るトライ・エッジを追い詰めて倒すと誓います。ハセオの『The World』での初年度を舞台に、.hack//Rootsはトライ・エッジがそれらを引き裂く前に築いた絆を追います。物語は、これらの友情が直面した試練と勝利を掘り下げ、容赦のないデジタル世界での仲間意識を鮮明に描き出します。
