惑星が神秘的な外来種「ガウナ」によって破壊されたとき、残った数少ない人類は巨大世代船サイドニアに逃げ込んだ。星間の虚空を何世代も漂い続けた後、船は再びガウナに包囲される――百年ぶりの最初の攻撃だった。人間とガウナのハイブリッド、白井つむぎと、ガーディアンメカの星間パイロット、谷口凪の助けを借りて、一瞬だけ侵略者に勝利した。十年後、サイドニアは一時的な沈黙を経験し、クルー全体に静寂が広がる。つむぎは凪への好意を抱き始め、彼は今やサイドニアのチャンピオンとして称えられる。だが、コバヤシ船長は常に、ガウナが存在し続ける限り平和は短命だと警告してきた。クルーは決定的な対決に臨むことを決意し、その結果が人類の最後の希望を左右する。船のエンジニアは船体を強化し、医療スタッフは負傷者に備える。そんな中、クルーの間でガウナの要塞に関する噂が広まり、脅威を示唆している。運命が迫る中、彼らは大切な人々を守れるだろうか？
