新たな敵、ナハネとオハネルフ、および神秘的な巨大モンスターたちが宇宙から突如現れ、地球を掌握しようとする！ これらの攻撃の鍵は、ウルトラ進化研究所に隠されたプロジェクト『シンカリオン ALFA‑X』にある…！？ 平和に暮らしていたはやととシンカリオンチームにとって、戦闘は再び始まる。
襲撃中に父・北斗が消えると、はやとは不安を隠せない。そんな中、9歳の北斗が別の時代と次元から突然現れる！ 光る粒子で時間を抜けた若き北斗は、地球を守り正常さを取り戻す最先端技術の融合『シンカリオン ALFA‑X』を操ることを誓う。北海道・山形・大宮・名古屋・京都・萌字の各支部から集結したシンカリオン隊は、宇宙で最も強大な脅威に立ち向かう。
各地域の誇りを宿すシンカリオンユニットは、統一された力へと融合する。彼らの使命は侵略者を撃退し、人類を守ることだ。その勇気は究極の決戦で試される。
シンカリオンは日本の平和と安全を守れるか？ はやとは北斗と再会できるだろうか？
