日本の平穏を謎めいた巨大生物から守るため、シンカンセン・ウルトラエボリューション研究所は変形可能な「シンカリオン」ロボットを開発しました。新たな脅威に備え、研究所は現在「シンカリオンZ」という新モデルと、それを強化する戦闘ユニット「ザイルナー」を設計中です。ザイルナーは通常の列車を強力なブースターに変換し、Zをサポートします。高い相性を示す子どもたちはシンカリオンZのパイロットとなり、研究所職員と協力して再び現れた巨人を討伐します。未知の敵の台頭と二人の若きヒーローの出会いが、彼らの大胆な防衛の舞台を整えます。同期した努力により、国はあらゆる脅威から守られ続け、友情は新たな挑戦に直面するごとに強まっていきます。
