Для того чтобы защитить спокойствие Японии от загадочных колоссальных существ, Институт ультраэволюции Синкансэн создал трансформируемых роботов "Шинкалион". Предвидя новые угрозы, институт сейчас разрабатывает новую модель под названием "Шинкалион Z" и сопутствующие боевые усиленные единицы, называемые "Зайлинеры", которые преобразуют обычные поезда в мощные ускорители для Z. Дети, проявляющие сильную совместимость, становятся пилотами Шинкалиона Z, сотрудничают с персоналом института в борьбе с вновь возникающими титаны. Возникновение незнакомых врагов — и встреча двух молодых героев — создают сцену для их смелой обороны. Их синхронные усилия обеспечивают, что нация остаётся защищённой от любой надвигающейся опасности, в то время как их дружба укрепляется, когда они вместе сталкиваются с каждым новым вызовом.
