放課後のある午後、高校1年生の朝中よもぎは橋の下で空腹に苦しむ見知らぬ人を発見する。彼は自らをガウマと名乗り、旅人であり「怪獣ユーザー」であることを明かす。怪獣ユーザーとは、都市と住民を脅かす怪獣に立ち向かう者だ。夕方、よもぎは再びガウマに出会い、その時彼のクラスメイト・南ゆめも同行していた。同時に、都市の繁華街で怪獣が出現する。ガウマは怪獣を操る技術に乏しいため、光り輝くポーチを引き出し、謎めいた装置を放って巨大ロボット「ダイナゼノン」を召喚する。メカは4人のパイロットを必要とし、ガウマ・よもぎ・南ゆめ・山中小弥（ホームレスの通行人）をコックピットへと引き込む。彼らは怪獣との戦いを通じて、怪獣を悪用するユーザーである「怪獣エウゲニシスト」との関わりを深め、ダイナゼノンの完全な力を解放する道へと進む。彼らの決意は、故郷を守れるという希望を燃やす。
