ユウタ・ヒビキは宝田リッカの寝室で目覚め、二つの不安な事実に気づく。彼は過去を覚えておらず、隣の部屋から聞こえる奇妙な声が自分の名前を呼んでいる。さらに近づくと、古いコンピュータモニターの後ろに隠れたロボット――ハイパーエージェント・グリッドマンと自己紹介しているものが見える。ユウタの驚くべきことに、リッカはグリッドマンの声を聞かず、町を濃い霧で覆う迫り来るモンスターも見ていない。やがて、都市の中に別の巨大な獣が現れ混乱を引き起こす。騒動の中で、ユウタは再び古いコンピュータに引き寄せられ、グリッドマンと融合する。彼は突然戦闘の最前線に立たされ、モンスターと対峙するよう強制される。リッカとクラスメイトのウツミ・ショウとともに、ユウタは「グリッドマンアライアンス」を結成し、都市を襲うモンスターを討ち倒し、その背後にいる者たちを暴く。
