地球が宇宙の広大な闇で破壊されてから何年も経った頃、異星人種ガウナは、人類の最後の痕跡を徹底的に追い求め続けていた。人類はほとんど生き残り、巨大な種子船に乗って宇宙へ散らばった。3394年、長い間巨大船シドニアの下で孤立していた田中瀬長谷は、上層デッキで食糧を求めているうちに、自分の理解を超える出来事へと引き込まれる。
ガウナがシドニアに対して残忍な攻撃を仕掛けると、責任は田中瀬長谷に降りかかる。彼を支えるのは、変わらぬ仲間である星城静香、伊佐奈 シナトセ、緑川 優太。彼らとともに、人類最後の砦を守り、外星からの脅威を討伐する。『シドニアの騎士』は、田中瀬長谷が自らの存在全体を取り巻く隠された領域を明らかにし、究極的にはシドニアが絶望的な破滅の前に必要とする英雄的救済者となる勇敢な旅を描く。
