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人間の心を機械的な「I‑マシン」に移すことは、オリチャルトと呼ばれる貴重な鉱物の発見により実現可能になった。しかし、心が元の身体へ戻らない場合、新しい鋼製シャーシに永遠に閉じ込められる恐れがある。転送が成功しても、永続的な分離のリスクは、この道を選ぶすべての者にとって不安定で恐ろしい現実として残る。これが、オリチャルトを利益のために収穫しようとする悪名高いグレイマンが指揮する大胆なI‑マシン掘削隊、エクサベート・カンパニーの運命だ。

採掘作業中、クルーは自分たちの隊から置き去りにされた学者マヤ・ミクリを救出する。元チームメイトから機密オリチャルトデータの窃盗で告発された彼女は、自らを立証するためにエクサベート・カンパニーに加入する。彼らの旅は、過去を覚えていないトップオペレーター・イドを含む彼らの運命を変える。初めて、イドは今日、自分の真実のアイデンティティを明らかにするかもしれない。