21世紀初頭、日本は黒部ダム建設中に発掘された古代遺物を調査するため、国連黒部研究センターを設立した。世界中の科学者が現場に集まり、発見物を分析している一方で、その子どもたちは立山国際高校で普通の日常を送っている。
恥ずかしがり屋の生徒、白羽由希奈はセンター長の娘である。母親が研究室にいるところを訪れた際、由希奈は遺物の謎の一部を解き明かす。予想外に、彼女は戦国時代の若き侍、大馬ケンノスケと出会う。
宇宙からの脅威が迫る中、由希奈と大馬は地球を侵略者から守るために力を合わせる。戦いの中で、彼女は大馬の秘密と、なぜ彼が自分を守ることに献身しているのかを知る。
