В начале 21‑го века Япония создала Международный исследовательский центр Курубе ООН, чтобы изучить древний реликт, найденный во время строительства дамбы Курубе. На объекте собрались ученые со всего мира, чтобы проанализировать находку, в то время как их дети проводят обычные школьные дни в Международной старшей школе Mt. Tate.
Юкина Шираханэ, застенчивая ученица, является дочерью главного исследователя центра. Во время визита к матери в лаборатории Юкина раскрывает часть загадки реликта. Неожиданно она встречает Кеносукэ Токисада Оума, молодого самурая из периода Сэнгоку.
Когда надвигается внеземная угроза, Юкина и Кеносукэ объединяются, чтобы защитить Землю от захватчиков. В ходе их битвы она узнает тайну Кеносукэ и почему он предан её безопасности.
