アオイ・センドウがリンクジョーカーに勝利した後、カイ・トシキは世界が再び日常に戻ったと考える。しかし、カードキャピタルへの旅中で、彼は他の全員がアオイを記憶から消していることに気づく。友人の突然の不在を解明する必要性に駆られ、カイは手がかりを求める旅に出る。アオイの高校を調査していると、カイは常にアオイのお気に入りだったカード「ブラスター・ブレード」の幻影に出会う。突然、彼の手元にカードの山が現れた：かつてアオイのものであったロイヤルパラディンデッキ。これらの馴染み深いカードを手に、カイはアオイのチームメイトに対し、彼の影響を思い出させるためのデュエルに挑戦する。記憶が戻ったら、彼らはカイとともにアオイを探し出し、どんな犠牲でも彼を家へ戻すために結集する。
