ヴァンガード高校のコシエンが終わった後、伊吹幸治は新たな悪夢に悩まされるようになる。辰永ノメは水子に彼を邸宅へ連れて行くよう命じ、そこで幸治が「サンクチュアリ」と呼ばれるダークタワーを知覚できることに気付く。サンクチュアリは歴史のタイムラインを歪めており、唯一の解決策は幸治がまず未来の過ちを修正することである。したがって、幸治と水子は可能ならば並行世界へ旅し、マジカルガールの絵美千代と朱香がヴァンガードユニットを呼び寄せて歴史を修復するのを観察しなければならない。不幸にも、彼らは実際のモンスターに対するカードバトルがほとんど効果的でないため、あまり貢献できない。彼らの努力は古代の邪悪な存在が圧倒的に存在することで妨げられる。
