アジアサーキット・カードファイトヴァンガード大会の電撃的なフィナーレから数か月が経った後、仙藤愛知の有名カードゲームへの熱意は以前よりも強くなっている。しかし、学業と運動の両方を重視する名門ミヤジ学院に入学した際、クラスメートから愛着のある趣味を未熟だとレッテル貼られ、失望感を抱く。仲間からの温かい歓迎もなく、学生会の強硬な抵抗にも直面しながら、愛知はカードファイトクラブを結成することを決意。キャンパス内で同じくデュエリストの避難所を設け、学校の課外活動要件も満たす。旧友と新しい仲間を集め、愛知と彼のチームメイトは一連の障害に直面しながら、クラブを正式に認定させるためにコミュニティと支援を求めて奮闘する。
