全国大会で激しい対決を終えた後、Q4チームは解散し、各メンバーは街の通りで普通の生活に戻る。
カードキャピタルを訪れた際、千地あいちは店内で見慣れない客を発見し、ネオンサインが揺らめく中で通路をスキャンしていた。
その謎の若者をカードファイト・ヴァンガードに紹介した後、千地は自分のいつものデッキが再構成されて全く別のものに変わっていることに気付く。
彼が以前に出会ったことのない多くのカードを含んでいるにもかかわらず、誰もがそのピースはいつものカードと全く同じだと主張する。
その奇妙な少年は跡形もなく消えてしまい、千地の混乱をさらに深める。
奇妙な新デッキに適応しながら、千地は何が起こったのか、そしてその奇妙な少年が本当に誰なのかを突き止めることを決意する。
