ムトウ・ユウギは、ゲームが大好きな素朴で孤立した高校生です。祖父のゲームショップに滞在している間、彼は「ミレニアムパズル」と呼ばれる古代エジプトの遺物を発見します。このパズルは解けた者にどんな願いも叶えると言われており、ユウギは友達を作るためにパズルを解くことを決意します。数年の努力の末、彼はついにパズルを完成させ、奇妙なことに自分の願いが叶ったのです。
同時期に「デュエルモンスターズ」という新しいカードゲームが人気を集めます。このゲームでは、デュエリストたちがモンスターと魔法・罠カードを駆使して対戦します。ユウギはすぐにゲームをマスターし、新しい仲間たちと平和な生活を送ります。
しかしユウギの静かな日々は短いものです。無敗のデュエリストで自己中心的な億万長者、セトウ・カイバが祖父を誘拐し、ユウギに希少な「ブルーアイズ・ホワイトドラゴン」との対戦を強いられます。彼は激しい闘いの世界へと投げ込まれ、暗黒勢力が迫る中でリスクは増大します。予期せぬカイバの敗北を、パズルに閉じ込められた名もないファラオの魂である「もう一つの自分」の助けを借りて達成した後、ユウギは非公式に「ゲームの王」の称号を得ます。この新たな栄誉は羨望を招き、ユウギは自分が最も大切にしているものを守るために知恵と意志力を駆使しなければなりません。
彼の旅は新たなライバルに直面し、古代戦術を学び、パズルの力が願いを超えていることに気付くことで続きます。都市の地下サークルは彼を歓迎し、スキルと人格を試すトーナメントを開催します。一方で影の組織はパズルの秘密を求めて追いかけます。ユウギは名声と愛する人々を守るバランスを取ります。
